Każda zmiana organizacyjna w ciągu roku wymaga akceptacji organu prowadzącego

Dyrektor szkoły szczegółową organizację nauczania, wychowania i opieki w danym roku szkolnym określa w arkuszu organizacji szkoły, uwzględniając szkolny plan nauczania. Organ prowadzący  zatwierdza opracowaną przez dyrektora organizację szkoły w terminie do 30 maja każdego roku. Na podstawie zatwierdzonej organizacji szkoły dyrektor ustala tygodniowy rozkład zajęć edukacyjnych i podejmuje decyzje kadrowe.

Obowiązujące przepisy prawa nie regulują zasad sporządzania aneksów do organizacji. Aneks stanowi integralną część arkusza organizacji, zatem jego opracowanie podlega takim samym zasadom jak w przypadku arkusza.

W trakcie roku szkolnego mogą się zdarzyć sytuacje wymagające dokonania zmian w organizacji pracy szkoły. Zatwierdzony arkusz organizacji szkoły może zostać zmieniony za pomocą aneksu, który należy przedłożyć do zaopiniowania i zatwierdzenia organowi prowadzącemu szkołę. Dyrektor szkoły obowiązany jest do bieżącego aktualizowania arkusza organizacji. W aneksie określa się:

• przyczynę i charakter zaistniałych zmian;

• okres obowiązywania zmian;

• stan zatwierdzony przed zmianami i proponowany po zmianach

Wskazówki dotyczące formy i zasad sporządzania aneksu zmieniającego arkusz organizacji szkoły określa organ prowadzący szkołę.

Zmiany w organizacji pracy szkoły dyrektor powinien zgłaszać do akceptacji organu prowadzącego przed datą ich wprowadzenia.
Niektóre samorządy nie wymagają sporządzania aneksów w przypadku zmian, które nie wywołują skutków finansowych. Dyrektor powinien stosować się do zaleceń organu prowadzącego.